Dobrý deň,
celý postup, ktorý opisujete vo Vašej otázke, ohľadom skončenia pracovného pomeru zamestnanca, je správny. Je to z dôvodu, že ide o skončenie dohodou a nie výpoveďou. Skončenie pracovného pomeru dohodou nie je obmedzené trvaním PN zamestnanca ku dňu skončenia PN. K dohodnutému dňu skončenia je možné zamestnancovi všetko zúčtovať, a to aj odstupné aj nevyčerpanú dovolenku.
Podľa § 60 ods. 1 Zákonníka práce, "Ak sa zamestnávateľ a zamestnanec dohodnú na skončení pracovného pomeru, pracovný pomer sa skončí dohodnutým dňom."
Ak sa má zamestnancovi vyplácať odstupné, tak v dohode o skončení pracovného pomeru je potrebné uviesť ako dôvod skončenia konkrétny výpovedný dôvod a výšku odstupného. V prípade organizačných zmien ide o výpovedný dôvod podľa § 63 ods.1 písm. b) Zákonníka práce a odstupné podľa § 76 ods. 2 Zákonníka práce.
Podľa § 76 ods. 2 Zákonníka práce, "Zamestnancovi patrí pri skončení pracovného pomeru dohodou z dôvodov uvedených v § 63 ods. 1 písm. a), b) alebo písm. f) alebo z dôvodu, že zamestnanec stratil vzhľadom na svoj zdravotný stav podľa lekárskeho posudku dlhodobo spôsobilosť vykonávať doterajšiu prácu, odstupné najmenej v sume
a) jeho priemerného mesačného zárobku, ak pracovný pomer zamestnanca trval menej ako dva roky,
b) dvojnásobku jeho priemerného mesačného zárobku, ak pracovný pomer zamestnanca trval najmenej dva roky a menej ako päť rokov,
c) trojnásobku jeho priemerného mesačného zárobku, ak pracovný pomer zamestnanca trval najmenej päť rokov a menej ako desať rokov,
d) štvornásobku jeho priemerného mesačného zárobku, ak pracovný pomer zamestnanca trval najmenej desať rokov a menej ako dvadsať rokov,
e) päťnásobku jeho priemerného mesačného zárobku, ak pracovný pomer zamestnanca trval najmenej dvadsať rokov."